争议之三是2005年3月至7月圆明园遗址的防渗措施与保护生态之争。2005年3月28日，张春正在人民网发文，惊呼圆明园遗址公园内的防渗工程是一场生态灾难，引发多家媒体竟相报道，影响波及全国。4月1日，国家环境保护总局致函圆明园管理处《关于责令圆明园环境综合整治工程停止建设的通知》；4月13日，国家环保总局召开了圆明园湖底防渗工程公众听证会，“声讨”圆明园，但支持者进行了争锋相对的辩论；6月30日，国家环保总局受理了圆明园管理处提交的、由清华大学环境影响评价室编制的《圆明园东部湖底防渗工程环境影响报告书》，并于7月5日上网公布，7月7日批复。这场争议似乎以圆明园遗址公园管理处进行整改而结束。但防渗措施的讨论仍然在延续。

争议之四是2006年1月至2009年4月间的圆明园三园的异地重建与反对复建之争。2006年元月1日，浙江横店社团经济企业联合会邀请了北京与浙江的相关专家考察横店圆明园新园项目，并举行座谈会，9月，正式对外宣布，将筹资200亿元人民币、耗时五年在浙江横店重建一座圆明园，迅速引发争议。2008年2月19日，横店圆明新园工程在一片争议声中正式启动，一年多后，即因项目违规用地而于2009年4月9日被国土资源部叫停。

上述争议的各方多以各自学术背景为基础参与争辩，各说各理，难免掺入情绪化言辞，甚至出现不顾历史事实的论点，极少有学者以世界遗产法规视野参与讨论。此外，争议也烙有政府行为与经济行为的痕印。

圆明园遗址有其重要的遗产价值，理想的遗址景观应当是遭受英法联军劫焚时的凋零残园，而不是乾隆盛期的金碧辉煌

鉴于圆明园遗址的上述现状，圆明园遗址申报世界遗产，尚有许多工作要做。首先，要遵守世界遗产法规。严格执行联合国教科文组织的公约、建议、宣言与宪章和国际古迹遗址理事会大会宪章、大会及研讨会文件、各国委员会研讨会宪章等一系列相关的国际遗产法规，正确指导和规划圆明园遗址整治修复工作。

同时，要遵循学术规范，尊重历史事实，今天的圆明园遗址，承载着初始建造、盛期扩建、后期维修、英法劫焚、木石土劫与公园整治几个时期的历史积淀。因此，圆明园遗址的保护与利用，应当尊重圆明园历史的真实发展历程。既要想像其盛时的辉煌，也要感受其凋零的沧桑；既要痛斥英法联军的焚劫，也要反省国人的木劫(制炭)、石劫(建房)与土劫(农耕)。圆明园遗址最重要的遗产价值，是不忘国耻的爱国主义教育基地。因此，理想的圆明园遗址公园景观，应当是遭受英法联军劫焚时的凋零残园，而不是乾隆盛期的金碧辉煌，更不是民国以来历经木石土劫后的脏乱差杂。

对圆明园的遗址现状也要正视，圆明园遗址整治修复的现实基础并不乐观。因此，圆明园遗址整治修复要逐步协调整治，先清理园内环境，包括清运生活或建筑垃圾、拆除废弃不用的建筑、清理原有园景的建筑基址及构建遗物、清退出租地块的出租单位，并整治园外环境，包括修复隔离设施、清运垃圾、拆除违章建筑、搬迁棚户区住户与单位。在此基础上，整修部分园景，对1860年罹劫余存的建筑如圆明园的紫碧山房、顺木天、鱼跃鸢飞等；长春园的海岳开襟；万春园的庄严法界、大宫门等，严格遵守国际遗产法规，按照遗产建筑修复原则加以整修。

申报世界遗产是一项国家政府行为，愿圆明园遗址申遗尽早被列入国家政府主管部门的议事日程，愿绝大多数中国公众的愿望早日实现。